Le SEF de Joomla a été désactivé, le mauvais nommage est toujours là (PS : le cache n'est pas actif)
Mis à part multisites, aucun composant tierce à Joomla n'est installé.
EDIT : Apparemment, le soucis à l'air d'être dû au framework WARP (indispensable pour faire fonctionner tous les templates de chez YOOTheme), car les url sont correctes avec un template de base de Joomla (milkyway par exemple) et donc le template s'affiche correctement (même si le module SEF de Joomla est actif)
Y aurait-il une solution de votre côté afin de rendre multisites compatible avec ce framework ?
EDIT 2 : Par contre, un bug persiste : Si on veut accéder à l'admin du site esclave en utilisant l'adresse
www.site.com/multisites/machin/administrator on tombe sur l'admin maître, étrange.
PS : Je pense que ce post est du coup plutôt une demande de support / compatibilité d'extension / bug report qu'une suggestion.