Avant de conclure que le problème vient du htaccess, commencez par verifier que tout fonctionne sans SEF et sans le htaccess.

Ensuite, utilisez un fichier htaccess standard.
En effet, vous avez modifié le htaccess pour y mettre des règles spéciales avec des URL hardcodés.

Donc la première question à ce poser est de savoir si c'est bien le htaccess qui est en faute.
Pour cela, il faut faire un test pour verifier que tout fonctionne bien sans SEF et sans le htaccess.

Lorsque vous aurez pu verifier que votre serveur est bien configuré et que Jms Multi Sites est aussi bien configuré.
Verifiez aussi que vous pouvez bien accéder à l'administration de vos esclaves.

Une fois cela verifié, remettez le SEF avec un htaccess standard de joomla.
Verifiez que vous pouvez bien accéder au site.

Finalement, remettez vos règles spécifiques une à une pour trouver celle qui pose problème.